El Charquicán en chile se prepara tras sofreír cebolla, a la que se agrega ajo picado y luego se incorpora charqui, o carne de vacuno, cortada en trozos pequeños o picada gruesa, Posteriormente, se agregan papas y zapallo cortado en dados pequeños y condimentos varios, Se cuece por un par de minutos, Se vierte agua hirviendo hasta cubrir todos los ingredientes y se deja cocinando hasta que las papas completen su cocción, Otro ingrediente bastante común en la zona central de Chile es la acelga, la cual una vez cocida se agrega picada fina junto con el choclo, Antes de servir se aplastan las papas y el zapallo, Asimismo, multitud de ingredientes alternativos se han agregado a la receta básica del charquicán chileno, como el choclo desgranado, porotos verdes, carnes de diversos animales como el cerdo o el cordero, tambien el reemplazo de la carne por un huevo frito, lo que se denomina popularmente charquicán a lo pobre, dado el alto precio que tradicionalmente se asocia a la carne de vacuno.
Tradicionalmente, en Chile se considera como una variante del charquicán al valdiviano o valdiviana, típico de Valdivia, en el sur de Chile, Por otra parte, también existen charquicanes a base de algas, el luchicán como un plato típico de Semana Santa en la localidad de La Serena, el cual reemplazaba la carne de vacuno o el charqui por luche tostado, El charquicán de cochayuyo, o charquiyuyo, es otra variante que incluye algas en la preparación, también referencia a un guiso conocido como vailelcan, el cual era preparado con mariscos, Actualmente esta preparación, en su forma original, está extinta en la gastronomía chilena y poco se sabe de su preparación, sin embargo, se especula que puede ser un antecesor de la actual paila marina.
En la localidad chilena de Peñalolén, el 11 de abril se celebra el “Festival del charquicán“, actividad dedicada por entero a la versión chilena de este plato.